O ciclo de estudos, com a duração de 6 semestres, 180 créditos ECTS, está repartido por três Instituições de Ensino Superior (IES): ESTG (IPViana do Castelo), ESTM (IPLeiria) e ESA (IPBragança). No 1º e 2º semestre o curso funciona em simultâneo nas três Instituições. No 3º, 4º e 5º semestres haverá lugar à mobilidade obrigatória de todos os estudantes para a ESTG (IPVC), ESTM (IPLeiria) e ESA (IPB) respetivamente. No 6º semestre os estudantes voltam cada um à sua instituição de origem. Neste semestre para além de interagirem com o tecido empresarial local no desenvolvimento de um produto ou de um processo, elaboram o trabalho de projeto em engenharia que deve permitir ao estudante a integração de todos os saberes da Engenharia Alimentar.
A estrutura curricular proposta tem o seu suporte na metodologia de Project Based Learning (PBL) em que se pretende que haja uma participação ativa na aprendizagem. No 1º e 2º semestres pretende-se proporcionar aos estudantes uma preparação cientifica e técnica de base em que no 1º semestre são lecionadas ciências básicas aplicadas à Engenharia e no 2º semestre uma formação laboratorial em analise de alimentos. No 3º, 4º e 5ºsemestres são lecionadas as tecnologias de processamento e a análise de qualidade dos alimentos, específicas (excelência) de cada uma das IES. O 6º semestre, lecionado nas três instituições em simultâneo, permitirá aos estudantes desenvolverem projetos, produtos ou serviços com impacto nos territórios de cada uma da IES e que possam inclusive acontecer em parceria com empresas do setor.
Esta estrutura curricular tem por objetivo organizar as atividades dos alunos, por patamares, desde uma preparação técnica de base, passando por uma especialização técnica, e terminando na capacidade de projetar.