A estrutura curricular foi organizada de forma a promover um percurso de aprendizagem centrado no aluno, em que o docente ocupa uma posição de orientador, tutor e intérprete. Valorizam-se, assim, os trabalhos práticos, laboratoriais, projetos individuais e em equipa, visitas de estudo, seminários e estágios em ambiente de trabalho nas empresas. Além disso, concede-se ao aluno a possibilidade de opção entre um conjunto de unidades curriculares, permitindo-lhe especializar-se numa das seguintes áreas de intervenção da Biotecnologia: Biotecnologia Agrícola, Biotecnologia Alimentar ou Biotecnologia Ambiental.